设计净化系统组织的原则是相邻二级过滤器的效率不能太接近，也不能相差太大。净化车间根据区域环境、净化程度等因素，为若干等级，常用的有和国内区域行业标准。布置工艺的流程尽可能短，减少交叉往复，、物流走向合理。要配备人员净化室、物料净化室，除配备产品工序要求的用室外，还应配备洁具室、洗衣间、暂存室等，每间用室相互，净化工程的面积应在保证基本要求前提下，净化车间装修，与生产规模相适应。
洁净室应使用不产尘、不积尘、耐腐蚀、防潮防霉和容易清洁并具有防火功能的材料，不能使用木材和石膏板作表面装饰材料。空调保温材料也必须符合国家有关规定达到耐腐蚀、不产尘、不附着灰尘和防火等要求。而随着净化技术的发展，建设净化车间的技术含量也越来越高，非人士不能也。除了在生产领域，净化工程技术还会逐渐应用于家庭、公共场合，为人们提供更洁净的生活空间净化工程技术的兴起不过是上个世纪的事情，但今天净化技术发挥着重要作用则是有目共睹的。
洁净室内的嵌壁器械柜与墙体之间、壁板上安装的插座、开关、照明箱体及灯带、观片灯等都需要用密封胶进行密封，且器械柜中的各种管道和箱体之间也都必须采用可靠和有效的密封措施。排风系统有一般排风系统、有机气体排风系统、酸性气体排风系统、碱性气体排风系统等，净化车间设计时，要根据实际情况选择。洁净室内密封控制重点内容是围护结构密封施工质量，如板材与板材之间应均匀涂密封胶，达到严密不漏风。
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