洁净工程装修的分类主要依据其空气流动方式、洁净度等级及特殊应用需求来划分。
1. 按空气流动方式分类
乱流式洁净室：空气由空调箱经风管与洁净室内之空气过滤器（HEPA）进入洁净室，并由洁净室两侧隔间墙板或高架地板回风。气流非直线型运动而呈不规则之乱流或涡流状态。此型式适用于洁净室等级1,000-100,000级，构造简单、系统建造成本低，但洁净室的扩充比较容易。乱流造成的微尘粒子于室内空间飘浮不易排出，易污染制程产品。
层流式洁净室：层流式空气气流运动成一均匀之直线型，空气由覆盖率99.9之过滤器进入室内，并由高架地板或两侧隔墙板回风。此型式适用于洁净室等级需求较高的环境，一般其洁净室等级为Class1~100。具体可分为水平层流式和垂直层流式。
2. 按洁净度等级分类
低洁净度等级洁净室：如ISO 7级至ISO 9级洁净室，主要用于对洁净度要求不高的生产环境。
高洁净度等级洁净室：如ISO 4级至ISO 1级洁净室，广泛应用于半导体、生物制药等对洁净度要求极高的行业。
3. 特殊应用分类
生物洁净室：受控粒子为生物粒子的洁净室，如生物实验室、医院手术室等。这类洁净室除了对空气洁净度有要求外，还需考虑生物安全因素。
复合式洁净室：将乱流式及层流式予以复合或并用，可提供局部超洁净之空气。如洁净隧道、洁净管道、并装局部洁净室等，适用于特定工艺需求，如药品及食品生产等。
4. 其他分类
工业洁净室：受控粒子为尘埃等非生物粒子的洁净室，广泛应用于电子、精密机械、化工等行业。
单向流洁净室：在这种洁净室设计中，高效过滤器安装在整个天花板或墙壁上，为房间提供空气。以单向方式扫过房间，它从地板上流出，清除房间内的空气污染物。
洁净工程装修的分类并固定，实际应用中可能根据具体需求和条件进行灵活调整。洁净工程装修涉及多个领域的知识和技术，包括建筑设计、空气净化、电气安装等，需要由的洁净工程公司进行设计和施工。